Ну в архиве есть батничек с примером запуска под Windows.
Самое простое, что бы разобраться, понять как работает и допилить шаблон - это потыркать утилиту под Windows. Берёте с сервера gungame.stats, указываете путь к нему, указываете куда класть готовый TOP.htm (в этой директории так же должны лежать файлы, находящиеся в архиве в папочку HTML). Клацаете DoProcess.cmd и наблюдаете результат.

Единственное отличие под Linux, перед строкой запуска надо добавить mono... Т.е., к примеру так:
mono "/home/user/StatsProcessing.exe S /var/hl/cstrike/gungame.stats /var/www/ggstat/ -p:1 -l:333 -m:15"
Для кучи лично я добавляю перед запуском mono ещё и nice, дабы приоритет тоже был минимальным и не мешал серваку в случаи чего.

Будут какие-то более конкретные вопросы - спрашивайте.